Rímskokatolícka cirkev, Farnosť sv. Martina (ďalej len „Farnosť sv. Martina“) si uplatňovala reštitučný nárok k budove školy na Jesenského ulici v Bratislave už od roku 1995. Keďže nedošlo k dohode o vydaní nehnuteľnosti s Hlavným mestom Bratislava, bola Farnosť sv. Martina nútená uplatniť svoj nárok súdnou cestou. Súdny spor bez zavinenia Farnosti sv. Martina trval viac ako 14 rokov. Súdy definitívne potvrdili vlastnícke právo Farnosti sv. Martina k budove školy v roku 2010.

Počas 14 rokov trvania súdneho sporu sa Farnosť sv. Martina niekoľko krát pokúšala o mimosúdne urovnanie súdneho sporu s Hlavným mestom Bratislava, ale bezvýsledne. Vzhľadom na to, že Farnosť sv. Martina nemala dostatok finančných prostriedkov na prevádzku a údržbu školy a je vystavená vysokým nákladom spojeným s údržbou a nevyhnutnou rekonštrukciou Dómu sv. Martina, pristúpila k odpredaju budovy školy na Jesenského ulici v Bratislave. Prostriedky získané z predaja budú použité v prvom rade na rekonštrukciu Dómu sv. Martina.

Ďalšie fungovanie školy bude závisieť od dohody s novým vlastníkom.