Poslaním fakulty a jej afilovaných inštitútov je vedeckou metódou bádať poznatky teologickej katolíckej náuky, systematicky ich spracovávať a vysvetľovať, aby boli formujúcim činiteľom tých, ktorí v oblasti teologickej vedy pôsobia, ale aj tých, ktorí vedeckou a teologickou formáciou smerujú ku kňazstvu, alebo sa pripravujú na špeciálne služby tak v Cirkvi, ako i v celej spoločnosti.
Fakulta v spolupráci s jednotlivými pracoviskami uskutočňuje vedecko-teologický výskum. Usiluje sa o to svojou vlastnou vedeckou metódou s dôkladným chápaním katolíckej náuky, ktorú s najväčšou starostlivosťou čerpá z Božieho zjavenia a systematicky ju vysvetľuje.
Kompletné informácie o RKCMBF UK je možné nájsť na webe fakulty.
Právnym základom činnosti fakulty je zákon č. 131/2002 Z.z. o vysokých školách a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov a zákon č. 163/1990 Zb. o bohosloveckých fakultách. Z hľadiska kanonického práva sa fakulta riadi Apoštolskou konštitúciou Jána Pavla II. Sapientia Christiana (zo dňa 15. apríla 1979) a Ordinationes Kongregácie pre katolícku výchovu (z 29. apríla 1979), ktoré sú priložené k samotnej Konštitúcii; tiež normami kánonického práva (kán. 815-820 CIC).
Fakulta sa riadi štatútom, ktorý bol schválený Akademickým senátom fakulty 17.6.2003, Akademickým senátom Univerzity Komenského v Bratislave 25.6.2003 a Kongregáciou pre katolícku výchovu v Ríme 21.8.2003 v zmysle ustanovení zákona č. 131/2002 Z.z. o vysokých školách a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov. V súčasnosti je predložený na posúdenie Kongregácii pre katolícku výchovu v Ríme návrh nového štatútu fakulty, ktorý bol pripravený na základe uznesenia AS UK k Štatútu RKCMBF UK zo dňa 30.6.2004, spracovaný podľa pripomienok právnej komisie AS UK a schválený Akademickým senátom fakulty 12.7.2005.
Jednotlivé pracoviská fakulty po celé predchádzajúce obdobie intenzívne napĺňali program poslania vzdelávacej a formačnej inštitúcie. Pedagógovia fakulty spolupracujú s teologickými inštitútmi prostredníctvom jednotlivých katedier.
Fakulta sa podieľa aj na permanentnej formácii a ďalšom vzdelávaní kňazov pôsobiacich v pastorácii.